آیت الله العظمی صافی گلپایگانی در دیدار مسئولان مرکز ملی پاسخ‌گویی به شبهات حوزه علمیّه قم، با تقدیراز فعالیت‌های انجام‌شده در این مرکز،گفتند: برنامه‌هايي که در رابطه با شناخت شبهات و دفع علمی آنها گزارش دادید، هر چه پربارتر باشد، اسباب خوشحالي بیشتر حضرت ولي عصر عجل الله تعالي فرجه الشريف خواهد بود، و البته اول کسي هم که از حوزه‌ها انتظار دارند که اين برنامه‌ها را پياده کنند و به مقاصدي که بايد برسد برسانند، باز هم آن بزرگوار می‌باشند.

ایشان در بخش دیگرسخنان خود، با اشاره به تهاجم بی‌سابقه علیه دین اسلام از طریق شبهه‌افکنی در فضاهای مختلف اظهارداشتند: اوضاع و شرایط به نحوی شده است که در فضاهای مختلف مي‌خواهند به دين اسلام ضربه بزنند، و فکر و خط صحیح مردم را عوض کنند. جنگی که علیه عقاید حقه اسلام پیش آورده‌اند یک جنگ حقیقی است، و باید در این جبهه، لشکري با قدرت علمی و دینی بسیار بالا مشغول دفاع باشند؛ چرا که دفاع از دین، دفاع از مذهب و دفاع از امام زمان عجل الله تعالی فرجه الشریف است.

این مرجع تقلید، مسئولیت حوزه‌های علمیه را در این مقطع از زمان، بسیار مهمّ شمرده و افزودند: حوزه‌های علمیه با پشتوانه قوی معارفی که از قرآن و اهل بیت علیهم‌السّلام دارند، باید با سه ویژگی لازم: بیداری و آگاهی، بُنیه علمی قوی، و حضور جدّی در عرصه دفاع، در جنگ نرم علیه دین و اعتقادات، در همه فضاها اعم از حقیقی و مجازی، پیشقدم باشند، و همه طلاب  در این امر بسیج شوند.

آیت الله صافی، در بخش دیگری از توصیه‌های خود به مسئولان مرکز ملی پاسخگویی به شبهات دینی، بیان داشتند: اگر ما حرف نزنيم، عقاید مردم سست خواهد شد. ما نباید کوتاهي کنيم، هر چه کوتاهي باشد، همه مسئوليم. البته باید بتوانیم در همه رشته‌های علمی لازم، وارد شویم، تا امکان پاسخگویی در همه رشته‌هایی که علیه اسلام، هجوم می‌کنند، باشد.

معظم له در پایان این دیدار، با تقدیر از برنامه‌های این مرکز در دفاع از اعتقادات، گفتند: مقيّد باشيد در کار مهمّی که در پیش گرفته‌اید، تنها قصد و هدفتان، رضاي خداوند متعال، و خوشحالی حضرت ولی عصر ارواح العالمین له الفدا باشد، و از خداوند متعال استمداد بطلبید که در این توفیقی که نصیبتان فرموده، بتوانید بیش از پیش موفق باشید.